Premesso che sono felicissimo di vedere che qualcuno usa LaTeX anche per le edizioni critiche, nel tuo codice osservo quanto segue:
1) suppongo che tu non scriva in greco monotiniko; imposterei almeno l’attributo polutoniko:
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\languageattriute{greek}{polutoniko}
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subito dopo la chiamata a babel. In alternativa userei il pacchetto teubner che fissa lui questo attributo, ma che ti offre un mucchio di possibilità in più per comporre il tuo testo e che ho scritto proprio per favorire i letterati/filologi.
2) Premesso che non ho mai usato ledmac, perché io non sono né letterato né filologo, ho il sospetto che il tuo problema dipenda dal fatto che il comando \greco che hai definito sia fragile e i comandi fragili nelle note si “rompono”. Prova con:
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\DeclareRobustCommand{\greco}[1]{%
\begin{otherlanguage*}{greek}#1\end{otherlanguage*}}
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Spero che questo suggerimento sia risolutivo. Se decidi di usare teubner, leggi prima la sua documentazione in teubner-doc.pdf.