Il sito dove ti si consiglia di usare i font ae si riferisce ad una situazione precedente alla distribuzione dei CM-super e dei Latin Modern, diciamo una quindicina di anni fa.
Allora ti consiglio, vista la matematica, carica i Latin Modern che sono sostanzialmente uguali (ma completi) rispetto agli ae e che hanno quindi lo stesso livello di nero.
Se ne leggi la loro documentazione (che hai già sul tuo disco), vedrai che oltre alla codifica T1, sono disponibili altre codifiche per i Latin Modern, alcune delle quali potrebbero esserti più congeniali.
La matematica con i Latin Modern non ha problemi, perché essi sono compatibili con tutta la matematica di LaTeX. Essi dispongono anche dei “corpi ottici” e non producono per la matematica i deponenti e gli esponenti di primo e di secondo livello ricorrendo al semplice ingrandimento o rimpicciolimento dell’unico copro a 10pt, come succede con molti altri font vettoriali, ma ricorre a font complementari disegnati apposta per deponenti e esponenti.