Eh, da chimico attualmente per includere formule e reazioni con formule di struttura uso xymtex (complicato ma potente, è ottimo specialmente per i meccanismi di reazione o gli schemi retrosintetici) oppure realizzo eps con easychem e poi con psfrag modifico i caratteri e faccio annotazioni con i font che utilizzo nel corpo del documento.
Per reazioni senza formule di struttura e per indicare isotopi uso mhchem, per le unità di misura è i dati numerici uso siunitx.
I grafici sono quelli che mi hanno creato più problemi, attualmente uso gnuplot con il terminale epslatex mentre per la statistica uso R con interfaccia commander (solo per mia comodità) e terminale Tikz.
Sono tutti programmi open-source che trovi facilmente tra i repository di ubuntu, tranne xymtex.
Tieni presente che sto imparando e quindi sono consigli da prendere con le pinze.