Hai diverse possibilità, ma credo che tutte portino ad un risultato insoddisfacente:
1) prima di iniziare l’ambiente matematico che contiene la matrice riduci il corpo del font passando a \small oppure a \footnotesize oppure a \scriptsize, ricordando di chiudere il tutto dentro un gruppo, per evitare che tutto il resto del documento risulti composto in corpo decisamente più piccolo.
2) componi la matrice girandola di 90º in senso antiorario, mettendola in una pagina a se stante; io l’ho fatto con una matrice 25 per 25 e il risultato non era spregevole, ma certo non è il meglio.
Certo se in corpo normale riesci a vedere sulla pagina solo le prime tre colonne la soluzione 1) credo che non ti possa funzionare in modo decente.
3) La terza soluzione è quella di ripensare alla matrice in se stessa. Per esempio (ma non pretendo che la cosa sia valida, è solo una idea) se nelle espressioni degli elementi ci sono termini o fattori che si ripetono da un elemento all’altro, sostituiscili con un solo simbolo e dopo la matrice scrivi il significato di ogni simbolo; oppure scrivi la matrice
M= (a_{i,j})
e dopo dai i 36 valori, uno per riga, dei singoli termini a_{i,j}.
Anche questo non è una grande soluzione, ma se gli elementi della tua matrice sono troppo larghi non credo che tu possa trovare altre soluzioni.