Puoi ignorare l’errore e vedere che cosa ti scrive il programma di tipocomposizione; poi se ti manca qualche carattere, allora puoi andare a cercare di che cosa si tratta.
Le cause più comuni sono l’uso di una opzione per i caratteri della tastiera diversa da quella che che corrisponde al tuo shell editor (l’editor con il quale crei i tuoi file sorgente e che ti permette di eseguire la compilazione semplicemente cliccando su una icona o su una voce di menù). Oppure può darsi che il tuo “template”, che in linguaggio LaTeX si chiama file di classe oppure pacchetto di stile a seconda di che cosa contenga, sia stato scritto in modo da contenere caratteri non ASCII, per esempio contenga un apostrofo con codifica superiore al numero 255; capita spesso quando si usa windows con un editor non configurato bene.
Nel file log, comunque, cerca il numero della riga dove ti viene presentato quell’errore, e poi vai a quella riga nel file che la contiene: osservala bene e se c’è qualche carattere che non ti convince, compresi gli apostrofi, cancellali e riscrivili con la tua tastiera.
Poi controlla anche l’encoding specificato al pacchetto inputenc nel preambolo della tua tesi, o nel file di classe che ti hanno passato o nel file di stile che ti hanno passato; controlla che si tratti dell’encoding giusto per il tuo editor.