È difficile dire perché ti succeda quello che ti succede. Ma posso fare due osservazioni:
1) Nell’Introduzione qui su, si spiega come usare \includeonly e \include, invece di \input.
Il tuo problema si sarebbe e forse si risolve ancora usando quei comandi.
Metti l’abstract in un file distinto dagli altri capitoli che hai già composto o che comporrai, tenendo un capitolo per file; nel corpo del documento li includi ciascuno con il suo comando \include. Nel preambolo scrivi l’elenco dei file da includere come argomento di \includeonly, uno per riga come mostrato nell’Introduzione; commenta tutte le righe, tranne quella del file che contiene il tuo capitolo; lo stesso fari per i capitoli successivi. Dovrebbe andare a posto tutto quanto.
2) io non sarei capace, ma so, perché un amico mi aveva scritto la debita procedura, che il programma ghostscritp fa ogni tipo di manipolazione dei file ps e dei file pdf (oltre a convertirli gli uni negli altri); fra le altre cose è in grado di estrarre da una a n pagine da un file che ne contenga m>n. Siccome ghostscript ce l’abbiamo tutti sulle nostre macchine di qualunque marca e con qualunque sistema operativo e con ogni distribuzione del sistema TeX, tutti in teoria abbiamo i mezzi per estrarre pagine da un file pdf. Il problema è che ghostscript accetta tali e tante opzioni che lo studio della pagina del manuale rischia di diventare più pesante che non l’operazione stessa. Eppure… fa talmente tante cose che, a cominciare da me stesso, tutti dovremmo saperlo usare bene a nostro vantaggio.
Io sono parzialmente scusato perché opero con un Mac e l’operazione di estrazione la eseguo con il software Preview in dotazione del sistema operativo attraverso una comodissima interfaccia grafica, quindi non ho bisogno di usare ghoscript per questo scopo; ma ghostscript mi potrebbe essere utile per molti altri scopi; per questo la mia ignoranza non è scusabile. 🙁