Re: Creare bookmark in latex, ora li ho annidati!

Da quello che racconti, direi che il fatto che sia chiamata una classe dentro alla classe del prof non è un bel presagio.
In ogni caso può darsi che la cosa possa funzionare, ma il pacchetto deve essere caricato epr ultimo, perché ridefinisce molti dei comandi che generano link interni con i vari bookmark.
No so se sia risolutivo, ma io commenterei la riga di quel pacchetto che carica hyperref ma trasferirei quella stessa riga (ovviamente senza il commento) nel tuo master file dalla tesi subito prima di \begin{document}, salvo farlo seguire da un comando \hypersetup, se vuoi specificare altre opzioni al pacchetto hyperref. Ma nessun altro pacchetto deve venire caricato dopo hyperref.

Prova e facci sapere.