Faccio notare che compilando con lo script texi2dvi/texi2pdf (è presente anche in TeX Live 2010 in …/texmf-dist/doc/support/texdraw/texi2dvi ma in una versione vecchia, si può ottenere la versione più recente installando il programma Texinfo: http://www.gnu.org/software/texinfo/) la bibliografia viene prodotta correttamente. Non ho mai letto per intero il contenuto dello script (la versione che ho io è lunga più di 1900 linee di codice), però immagino che effettui il parsing dell’output dei comandi eseguiti (latex, bibtex, makeindex, e così via).
Per ora l’unico pacchetto con cui ho avuto difficoltà a far funzionare texi2pdf è frontespizio 🙁
Forse puoi provare latexmk. Sarà che sono troppo abituato a lanciare le compilazioni da terminale, ma non ho mai sentito il vero bisogno di uno script automatizzato.
Ciao
Enrico