Nessuno ti vieta di usare una sola cartella che stia diversi rami sotto a quello dove sta il file principale; è un po’ meno facile usare un indirizzo assoluto partendo dal nome del disco fisso, tipo C:/le_mie_bibliografie/ArticoliMatematici/matematica.bib. (nota gli slash al posto dei backslash, anche se si tratta di un indirizzo Windows; nel tuo file .tex non devi usare i backslash ma usare la scrittura quasi UNIX con i separatori delle cartelle indicati con delle barre normali.)
Non è che la cosa non funzioni, semplicemente diventa legata alla macchina specifica sulla quale stai lavorando; non è considerata una buona pratica, specialmente se devi scambiare i file sorgente con un altro dottorando
La cosa migliore sarebbe quella di avere il database bibliografico in una cartella subordinata a quella dove risiede il file principale della tesi. Ma se vuoi usare la bibliografia anche per altri lavori dovresti avere una bibliografia principale da tenere aggiornata e una procedura bat che copia quel file bibliografico in tutte le sottocartelle degli altri documenti che necessitano dello stesso database.
Su macchine con sistemi operativi diversi da quelli della MS invece di copiare fisicamente i file, puoi scrivere nelle sottocartelle di ciascun documento un “symbolic link” che punta all’unico file contenente il database bibliografico che aggiorni e modifichi.
Tra l’altro TeXmaker e TeXmakerX consentono di gestire anche i database bibliografici; certo puoi continuare ad usare JabRef, ma non è strettamente indispensabile.