1) Certo nel tuo preambolo ci sono anche cose che non servono a nulla e cose errate;
se usi XeLaTeX per la composizione non puoi usare babel ma devi usare polyglossia e le lingue, principale e secondarie, le devi invocare in un altro modo — vedi documentazione. Non ha nemmeno senso usare l’encoding T1 con i font Times codificati in UNICODE. XeLaTeX lo si usa apposta per usare i font codificati in UNICODE; suppongo e spero che il font Times da te scelto contenga anche le pagine relative al greco, non solo quello monotonico ma anche quello politonico. Comunque , se vuoi, ci sono altri font che sono completi delle pagine riguardanti il greco, da GFDidot a Old Standard. Naturalmente bisogna che tu veda che cosa hai sul tuo PC.
2) Ho la sensazione che tu confonda il nome paragrafo (in italiano) col la parola paragraph (in inglese); quest’ultimo in italiano si chiama capoverso. Se tu dici che non ti numera i paragrafi, iio intendo i paragrafi (in italiano) ma poi vedo il tuo file che non contene nemmeno un comando \section, quindi ne desumo che tu stati dicendo una cosa e io ne capisco un’altra. Suppongo che i capoversi paralleli siano una funzionalità di ledpar, quindi devi leggerti la sua documentazione.
Per i problemi relativi a TeX, LaTeX e Xe(la)TeX questa è la sezione giusta.
Per i problemi raltivi alle edizioni critiche dovresti inserire il tuo messaggio in quella sezione del forum che viene letta dai filologi i quali forse sanno aiutarti meglio di me che sono un tecnologo totalmente ignorante di filologia e non ho mai usato né ledmac né ledpar.
Scusami se non ti so aiutare su questo punto.