Non so se posso esserti di aiuto, ma ho notato alcune cose:
`
\documentclass[a5paper,9pt,twoside]{book}
\usepackage[a5paper, top=2.0cm, bottom=2.5 cm, left=2.0cm, right=2.0cm,heightrounded,bindingoffset=8mm]{geometry}
`
sei sicuro di volere la tesi in formato a5? Forse è questa la ragione de i messaggi di errore Overfull di cui parlavi in un altro post. Passando ad a4paper credo si possano risolvere alcuni problemi.
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\let\variante=\Afootnote
\let\commento=\Bfootnotedi note
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forse è solo un refuso di copia-incolla, ma dovrebbe essere:
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\let\commento=\Bfootnote
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\makeatletter
\makeatother
`
credo siano superflui
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\nocite{*}
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credo debba essere messo in fondo, così:
\cleardoublepage
\nocite{*}
\addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
\printbibliography
Per venire alla questione di Ledpar: come è composto il file Edizione/Parte1 e Traduzione/Parte1? Il problema forse sta lì.
Ciao,
Matteo