Per quelle tre lettere usa $\alpha$, $\beta$ e $\gamma$.
In secondo luogo: poiché ho del testo composto
con un serif e un commento composto con un sans-serif,
come potrei adottare due alfabeti greci in linea con i font?
Dipende da quale motore di composizione usi; se usi pdflatex la cosa pù semplice è quella di usare i CBgreek fonts; lo puoi fare anche con l’encoding utf8 purché carichi anche il pacchetto utf8x; Il meccanismo di selezione delle caratteristiche dei font in modo da accordare sempre il testo in caratteri latini con il testo in caratteri greci.
Se usi xelatex dipende da come definisci il font per il greco; se scegli come main fonnt latino un font OpenType che abbia anche la pagina del greco (per esempio, mi pare, Old Standard) i font si accordano per forza, perché sono presi dalla stessa polizza.