Il tuo problema è la scelta particolare che fai con la numerazione dei sezionamenti e l’indice:
`
\setcounter{secnumdepth}{-2}
\setcounter{tocdepth}{5}
`
Con il primo statement decidi che nulla deve essere numerato e con il secondo statement che tutto deve essere mandato nell’indice.
Non entro nel merito di questa scelta per me assurda; per fortuna, spero, nel tuo documento scritto o non scritto per la Aracne, non arriverai a usare anche il comando \subparagrph, perché altrimenti l’indice ti viene più lungo del libro.
Ma il problema è il primo statement: se non vuoi numerare nemmeno i capitoli, vuol dire che non attivi mai il comando per incrementare il numero del capitolo, e quindi non attivi la reset list che azzera tutti i contatori subordinati al contatore chapter. Ecco perché le note non ricominciano da 1 ad ogni capitolo.
Allora se commenti il primo stement oppure se almeno lo cambi in
[code}
\setcounter{secnumdepth}{0}
[/code]
numeri i capitoli e solo i capitoli, non i paragrafi, sottoparagrafi, e compagnia bella, e le note ti ricominciano da 1 ad ogni capitolo. Oppure, se rimani con queste impostazioni e lasci -2, allora devi azzerare a mano; magari ti puoi creare un comando che nonostante la non numerazione dei capitoli ti azzeri tutti i contatori della reset list del capitolo, o almeno quello delle note.
Non ti dirò come fare, perché non voglio essere complice di un assassinio tipografico
😯