Gruppo Utilizzatori Italiani di TeX
A me funziona togliendo i \begin e \end dagli ambienti interni: ` \newenvironment{sistemaeq}[1]{% \subequations\label{eq:#1}\empheq[box=\fbox]{align} }{% \endempheq\endsubequations} `
Ti giuro che non so perché succeda così, ma almeno funziona.