Forse ti posso essere parzialmente utile:
1-poiché hai tolto questi pacchetti (correttamente, dal momento che non ti serve la matematica):
`
\usepackage{amsmath,amssymb,amsthm}
`
devi eliminare la parte “Matematica” dal file tesi.sty
2-il pacchetto hyperref mi sembra sia già caricato da Classicthesis, elimina la chiamata dal tuo Tesi.tex
3-tra le opzioni di babel hai messe due volte english; se vuoi quella lingua come predefinita basta che la inserisci come ultima ma, in questo caso, elimina l’opzione [italian] al pacchetto varioref
Se al tuo file sostituisco i pacchetti per la bibliografia con quelli impostati da Lorenzo
`
\usepackage[style=philosophy-modern,hyperref,backref,square]{biblatex}
\bibliography{Tesi}
\usepackage[babel]{csquotes}
`
il file si compila alla perfezione.
A presto,
Matteo