Secondo me faresti prima ad aggiustare il vecchio template quick&dirty per farlo funzionare con pdfLaTeX. Se compila in LaTeX e poi viene convertito direttamente con dvipdfm, vuol dire che in qualche modo usa delle istruzioni in PostScript o importa delle immagini eps tramite quei vecchi pacchetti, come epsfig.sty, che si usavano 10 anni fa per importare le immagini postscript.
Se hai la distribuzione del sistema TeX del 2010, questa sarebbe in grado (non so se anche con la distribuzione 2.9 di MiKTeX, ma sicuramente con al distribuzione 2010 di TeX Live) di importare anche le figure in formato eps, che 10 anni fa era impossibile importare, se non passando attraverso LaTeX->dvips->ps2pdf.
Sempre secondo me, fai prima a fare così, che non a cercare di fare patch di vario genere per cercare di recuperare la numerazione delle pagine se inserisci la presentazione PP-PDF tramite pdfpages.
In ogni caso non sarebbe difficile né aggiustare il vecchio file quick&dirty, nè arrangiarsi con pdfpages; Basta infatti che tu conosca quante pagine devi inserire, diciamo 30; il punto dove inserirle, diciamo subito dopo la pagina 52, naturalmente dopo aver finito il capitolo nella sua sostanza, e prima del capitolo 3.
Allora prima del capitolo 3 inserisci un \clearpage e un \addtocounter{page}{30}; compili e la numerazione delle tue pagine avrà un salto di numerazione proprio di quel che serve; con pdfpages inserisci la tua presentazione dopo le prime 52 pagine e, oplà, eccoti il tuo file finale a posto, composto con le 30 pagine di PP in stile empty!
Se metti a posto il vecchio file puoi chiedere a ghostscript di spezzarti il file PP-PDF in 30 file contenenti una pagina ciascuno, facendo sì che il nomi di questi file differiscano solo per un numero progressivo aggiunto ad un nome comune e prima dell’estensione .pdf; poi nel tuo file sorgente metti un po’ di programmazione in linguaggio TeX di basso livello; in sostanza devi creare un ciclo whiledo (vedi pacchetto ifthen) che per un indice numerico che corre da 1 a 30 genera il nome del file da importare e ad ogni ciclo chiama \includegraphics con il rapporto di scala giusto e con il nome progressivo appena generato. Io ho seguite questa strada una decina di anni fa e tutto è andato alla grande; il mio collega informatico a cui avevo fatto questo lavoretto si arrabbiò un poco perché lui non aveva pensato a questo uovo di Colombo. Purtroppo è così; talvolta viene l’idea giusta e altre volte ti arrovelli per un mucchio di tempo col rischio di rinunciare.