Se fossero installati correttamente, in DRIVE:\programmi\MiKTeX\2.8\ dovrebbero esserci le cartelle
source\latex\toptesi\ che contiene i file dtx e tex
doc\latex\toptesi\ che contiene i file pdf
tex\latex\topttesi\ che contiene i file cls sty e cnf + tutti i logi delle molte università delle quali sono riuscito ad ottenere i loghi
che cosa contengono le tue carelle? ci sono tutte? hai aggiornato il filename database da Avvio|programmi|MikTeX|MiKTeX Settings|Refresh databses?
Io non uso più MiKTeX da anni, quindi quello che ti ho scritto sopra l’ho scritto a memoria, magari richiede qualche aggiustatina, ma l’idea è quella.
Se sei l’unico utente del tuo PC probabilmente nella configurazione sei anche “administrator” quindi sei in grado di eseguire qualunque cosa. Se in source\toptesi\ ci sono i file che ti ho indicato, apri il file dtx con il tuo editor specializzato, WinEdt, Led, TeXnicCenter, TeXmaker, TeXworks, qualunque esso sia, e lancia la compilazione con pdflatex un paio di volte; otterrai tutti i file specifici di TeX cls, sty, cnf; ci sarà anche un pdf in inglese ; poi apri con il tuo editor toptesi-doc.tex e lo compili con pdflatex un paio di volte; otterrai un file in italiano. Poi sposti tutti i file nelle altre cartelle che ho segnato sopra ognuno nella cartella giusta a seconda dell’estensione. Infine aggiorni il filename database. Questo lavoro avrebbe dovuto essere stato fatto dal Package Manager; quindi mi stupisce che il tuo sistema non veda né la classe né gli altri file.
Ricordati di leggere entrambi i file pdf, parola per parola quello in italiano e la parte descrittiva della funzionalità del pacchetto in quella inglese, ma in questa puoi tranquillamente saltare la lunga seconda parte di descrizione del codice.