1) \toprule e compapgnia (i comandi di booktabs) non sono compatibili con i filetti verticali;
quindi se proprio non puoi fare a meno dei filetti verticali, devi usare l’ambiente tabular “normale”, vale a dire usando i filetti orizzontali \hline; questi però sono troppo vicini al contenuto delle celle; quindi devi alzare l’altezza apparente di almeno una cella delle prima riga della tabella che si preceduta da un filetto orizzontale e devi aumentare la profondità apparente di almeno una cella che si trovi in una riga della tabella seguita da un filetto orizzontale. devi usare dei “pilastrini”. Con LaTeX si realizzano con dei comandi \rule di cui la larghezza sia impostata a zero punti, per cui:
a) per aumentare l’altezza apparente usa \rule{0pt}{3ex}
b) per aumentare a profondità apparente usa \rule[-1ex]{0pt}{0pt}
Aggiusta i 3ex e il -1ex al valore che più ti aggrada conservando però le unità ex, così cambiando corpo dei font il tutto continua a funzionare correttamente.
2) per ruotare qualcosa e se hai caricato il pacchetto graphicx )se no, caricalo) usa il comando
\rotatebox{90}{materiale da ruotare}
Il materiale da ruotare può essere anche tutto quello che serve per scrivere il tuo matricione da \begin{equation} a \end[equation} includendo il \label se vuoi citare la matrice per “numero” di equazione.
Documentazione: texdoc grfguide
Non ti dimenticare mai della documentazione finché non la conosci a memoria 🙂