Ho l’impressione che tu stia confondendo l’impostazione di codifica di TeXShop con l’impostazione per il programma di composizione.
La codifica di TeXShop si imposta da Preferenze aprendo il meù a tendina che si ottiene cliccando sul nome TeXShop scritto in neretto a fianco della mela nella barra superiore a sinistra. L’encoding che tu scegli per l’editor non dipende dalla tastiera (conosco la tastiera svizzera, nella versione francese e anche nella versione tedesca).
Poi l’informazione al programma di compilazione la dai specificando nel file sorgente
`
\usepackage[…]{inputenc}
`
dove al posto dei puntini scrivi il nome che pdflatex è capace di decifrare; pdflatex conosce le codifiche applemac, ansinew, latin1, utf8.
TeXShop conosce le codifiche Western (Mac OS Roman), Windows Latin1, Western (ISO Latin 1), UTF-8,
Come si vede sono sigle diverse e tu fai riferimento a quelle di pdflatex, non a quelle dell’editor TeXShop.
Attiva TeXShop; clicca sul suo nome nella barra in alto a sinistra; seleziona Preferenze; seleziona Source; in basso a desta c’è la finestra per selezionare l’encoding dell’editor.