BibTeX è un programma per compilare la bibliografia; biber è un altro programma per fare la stessa cosa in modo diverso.
biblatex è un pacchetto per LaTeX & friends che serve per specificare modalità e stili per generare la bibliografia.
BibTeX o biber devono venire cliccati col bottone dello shell editor dopo che (pdf)LaTeX è stato eseguito almeno una volta; questa esecuzione produce un file .aux dove sono elencate tutte le istanze dei comandi \cite usati nel documento. BibTeX legge questo file .aux per sapere quali testi siano stati citati e li estrae dal databse bibliografico .bib trascrivendoli in un altro file .bbl con il mark-up necessario per rispettare gli stili di biblatex che poi i comandi definiti in biblatex e nelle sue estensioni interpreteranno e tradurranno nel formato finale quando si fa andare (pdf)LaTeX ancora una o due volte.
La spiegazione, è un po’ telegrafica, ma sostanzialmente dice la verità. Se vuoi saperne di più devi leggere una buona Guida come l’Arte o l’introduzione (link in alto in questa stessa pagina del forum) e comunque esiste sempre la documentazione del sistema TeX accessibile con il comando texdoc dalla finestra comandi.
Ho la sensazione, non avertela a male se te lo dico, che tu abbia affrontato l’uso di LaTeX in modo un po’ troppo naïf. La lettura completa dell’Arte potrebbe aiutarti molto.