Ciao,
non ho mai usato il pacchetto Endnotes ma credo sia incompatibile con Ledmac; in ogni caso Ledmac ha dei comandi per creare le note finali, se è questo ciò che ti serve. Ledmac è molto potente e, per esperienza, permette di ottenere delle ottime edizioni critiche; il consiglio è quindi di lasciare Endnotes e passare a Ledmac.
Il manuale cui faccio riferimento è quello del pacchetto Ledmac, per leggerlo basta che apri il prompt di comandi (windows) oppure il terminale (linux) e digiti: texdoc ledmac (si aprirà il pdf contenente il manuale).
È possibile ottenere una edizione in parallelo, basta utilizzare il pacchetto Ledpar, basato su Ledmac, perfetto per la prosa un po’ meno per la poesia. Piccolo consiglio: fai un poco di pratica con Ledmac e poi passa a testare Ledpar.
Buona fortuna e se dovessi avere dubbi non farti problemi a chiedere!
A presto,
Matteo