Ho tolto il \setconunter dalla prima slide, (e il wrapfig, che non mi serve: era il risultato di un copia-incolla di un altro preambolo) ma questo codice
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\documentclass{beamer}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage[OT1]{fontenc}
\usepackage{url}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{esvect}
\mode
\useinnertheme{rounded}
\useoutertheme{sidebar}
\usecolortheme{beetle}
\newcounter{keepenumi}
\begin{document}
\begin{frame}{Prima slide}
\begin{enumerate}
\item Pippo
\pause
\item Pluto
\pause
\item paperino
\setcounter{keepenumi}{\value{enumi}}
\end{enumerate}
\end{frame}
\begin{frame}{Seconda slide}
\begin{enumerate}
\setcounter{enumi}{\value{keepenumi}}
\item Minni
\pause
\item Clarabella
\pause
\item Nonna Papera
\end{enumerate}
\end{frame}
\begin{frame}{Terza slide}
\begin{enumerate}
\setcounter{enumi}{\value{keepenumi}}
\item Pippo
\pause
\item Pluto
\pause
\item paperino
\setcounter{keepenumi}{\value{enumi}}
\end{enumerate}
\end{frame}
\begin{frame}{Quarta slide}
\begin{enumerate}
\setcounter{enumi}{\value{keepenumi}}
\item Minni
\pause
\item Clarabella
\pause
\item Nonna Papera
\end{enumerate}
\end{frame}
\end{document}
`
si compila e dà correttamente le prime due slides ma poi sballa dalla terza