Ciao.
1. Perché nel preambolo carichi anche il pacchetto subfloat? Devi caricare solo subfig; può darsi che sia questo il problema;
2. Se hai fatto copia e incolla dal pdf può darsi che ti porti dietro qualche carattere invisibile (non ricordo dove lessi questa cosa), pertanto cancella il codice e riscrivilo per intero, oppure copialo da qui:
`\begin{figure}[p]
\centering
\subfloat[][\emph{Donor}.]%
{\includegraphics[width=.45\columnwidth]{donor-level}}\quad%
\subfloat[][\emph{Acceptor}.]%
{\includegraphics[width=.45\columnwidth]{acceptor-level}}%
\caption{Donor e Acceptor levels.}
\label{fig:subfig}
\end{figure}`
3. Dopo aver fatto le prime due operazioni, cancella i vari file che le compilazioni precedenti hanno creato (i vari “.aux”) e compila il numero necessario di volte;
4. Incrocia le dita.
Ciao
Orlando