Non è colpa della lingua latina; la prima parola dopo un cambaimento di font non viene divisa in sillabe; puoi provare a inserire un grumetto di gomma di larghezza nulla,
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\LN{\hskip opt\relax indignatio}
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e vedere se ti funziona. Aggiungerlo alla lista di eccezioni non serve né per il latino né per nessun’altra lingua; questo è un difetto o “feature” di tutti i motori di composizione che si possono fregiare della classificazione di TeX engine, per ordine di Knuth.
il problema si presenta anche in altri caso, per esempio la prima parola dopo un \item di una descrizione nell’ambiente description e so per certo che in quel caso il grumetto di colla invisibile non serve.
Puoi sempre inserire una cesura discrezionale inserendo in latino la sequenza “| dove vuoi che compaia la divisione; puoi anche mettere questa cesura facoltativa esplicita tra la g e la n, se pensi di pronunciare indignatio alla moda di Cicerone e di Quintiliano. 🙂