Ciao Gaia,
benvenuta!
Partiamo dal primo problema. Potevi comunque tenere un capitolo per file e addirittura
compilarne uno alla volta senza avere il bisogno di n preamboli. In ogni caso ora
non ti resta che creare un file principale che contiene il preambolo e poi
tra il \begin{document} e l’\end{document} tante inclusioni dei capitoli.
I capitoli si includono con
\input{cartella1/capitolo1.tex}
\input{cartella2/capitolo2.tex}
Dai file dei capitoli devi cancellare i premaboli, il begin e l’end document, ecc…
ragionevolmente cominceranno tutti con \chapter{Questo è un bel capitolo…}
Inoltre crea un nuovo file che chiamerai bibliografia.tex e dentro ci copi tutte le voci
bibliografiche usate nei vari capitoli (togliendole dai capitoli ovviamente).
Ti consiglio di ordinarle alfabeticamente. Anche questo file lo richiamerai alla fine
del tuo file principale così come hai fatto con i capitoli.
Per le altre domande aspettiamo.
Ciao ciao.
Fra