In teoria si potrebbe fare anche senza script.
Se si dovesse compilare il file documento.tex sarebbe forse possibile dare da linea di comando cose come
`
latex \usepackage{mypackage} \input{documento}
`
ma è una strada ricca di insidie e di limitazioni.
Benché sul manuale di Lamport ci sia scritto che è vietato mettere qualunque cosa prima della riga \documentclass, tranne l’ambiente “filecontents”, in realtà è possibile mettere qualche cosa prima di \documentclass, non so se \usepackage con il suo argomento sia una di queste cose, non l’ho mai provato. Tuttavia, sì è possibile mettere qualcosa prima di \documentclass, e in particolare prima di eseguire l’inpute del documento.
Tuttavia in questo modo non si possono cambiare le opzioni ai pacchetti, perché risulterebbe un errore (fatale) di option clash. Quindi segui il consiglio di robitex; elaborare il file da comporre con uno script adeguato prima di darlo in pasto a (pdf)latex è l’unica via sicura per raggiungere lo scopo senza problemei: in pratica si corregge il file da comporre e (pdf)latex vede solo un bel file in codice latex bene composto e senza possibilità di errori (se lo script è fatto bene) per la presenza di doppie chiamate o di opzioni in contrasto.