È vero, il documento che hia allegato ha un solo grosso errore, quello di definire una nuova famiglia di caratteri che fa riferimento al font Doc 😯
Per i resto non presenta problemi se si commenta quella inutie dichiarazione; probabilmente i font Libertine contengono già il simbolo di ceiling aperto e ceiling chiuso, visto che i Libertine OpenType contengono anche un buon numero di segni matematici, non tanti ma ce ne sono.
xunicode non è necessario caricarlo, perché viene caricato di default.
È vero che si tratta di righe commentate (ma perché copiare sistematicamente i preamboli di altri documenti che spesso richiedono pacchetti inutili?) 2mm sono praticamente 6pt; il valore preimpostato di \tabcolsep è di 6pt, A che cosa servirebbe impostare 2mm invece di 6pt per ottenere una variazione invisibile ad occhio nudo?
Tornado al tuo problema: visto che definisci delle testatine fancy, ma poi non le usi, visto che hai definito ‘chaptermark in modo che le testatine vengano impostate in un dato modo, ma poi dopo ogni chapter ricarichi a mano le due testatine con il titolo del capitolo, che poi nelle pagine di destra viene viene sovrascritto dal titolo della sezione; visto che usi la classe book e finché non dai il comando \mainmatter i capitoli non vengono numerati, direi che sarebbe bene che inviassi un documento minimo compilabile che presenti il difetto che dici, altrimenti l’unica risposta possibile è che quel 2 di troppo sia esplicitato nel comando con cui imposti le testatine a mano, piuttosto che un difetto dei comandi del preambolo. Riguarda il tuo file originale con attenzione, forse quel 2 di troppo l’hai scritto tu. 🙂