Infatti, se tutto è nella stessa cartella del file .tex, deve funzionare come descrivi e come vorresti.
Se con 2.8 e con 2.9 non funziona ci possono essere molti motivi; per esempio un difetto di configurazione di MiKTeX, variabili di environment che non vanno d’accordo con l’installazione di MiKTeX, conflitto di diverse versioni ora presenti o presenti in passato sullo stesso PC (Windows lascia sempre delle tracce di quello che è stato caricato e scaricato).
Leggi con attenzione il file .log del tuoi tentativi di compilazione; visto che non trova la classe, nelle prime righe dovrebbe esserci scritto dove la cerca; dovrebbe dirti anche quale MiKTeX sta lavorando,, eccetera; ne puoi dedurre diverse cose sulla installazione e sulla configurazione.
Ma in questo, purtroppo, a distanza è difficilissimo aiutarti; temo che tu debba seguire il detto: “Aiutati che il Ciel ti aiuta”.
In alternativa c’è la possibilità di dire addio a MiKTeX e installare la distribuzione TeX Live per Windows, mi raccomando: quella completa; io l’ho fatto quando mi sono deciso a dire addio a MiKTeX e non ho più avuto problemi.
Molto probabilmente la versione pdflatex di TeX Live non avrà nesuna difficoltà a trovare le tue classi; se dovesse trovare difficoltà anche TeX Live, vuol dire che il tuo portatile o il suo sistema operativo ha qualcosa che davvero non va.
Nota: caricando la TeX Live per Windows, carichi e installi anche l’editor TeXworks; è semplice ed essenziale, ma a saperlo usare fa come e meglio di TeXnic Center, e include un visualizzatore di file PDF che permette di andare dalla finestra .tex alla finestra .pdf avanti e indietro con il cursore in ciascuna finestra el punto quasi esatto in cui si trova nell’altra. Finché non usi un sistema di questo genere non puoi immaginarti quanta fatica in meno farai per comporre i tuoi documenti.