Non c’è dubbio: i Latin Modern sono completi, mentre i CM (quelli veri) sono senza lettere accentate. I CM-super sono un buon tentativo di coniugare i font EC vettoriali con i font cirillici vettoriali (e in progetto c’erano anche i font greci, ma poi il curatore dei CM-super ha trovato che non avevano gli stessi parametri grafici e ha desistito. I font EC veri sono distribuiti insieme alla versione commerciale VTeX, ma su CTAN ce ne è solo un sottinsieme. Il bello dei font LM, tra l’altro, è che sono corredati di file .fd che permettono la scalamento continuo ad qualsiasi dimensione, pur disponendo di corpi ottici (il font di corpo 5pt non ha lo stesso disegno di quello a 10pt il quale a sua volta è diverso da quello a 17pt — naturalmente gli LM non hanno solo questi tre corpi)
Ora ho sentito dire che i Latin Modern, che sono già di default con XeLaTeX, diventeranno di default anche per pdfLaTeX; avevo sentito già dal 2011, ma non ho ancora scaricato la versione TL 2011 sperimentale e non posso confermare questa informazione.