Samuele, \pagenumbering{arabic} dopo \mainmatter è superfluo, visto che lo fa già \mainmatter.
Non vedo invece la scelta di una font che ti permetta di scrivere correttamente anche l’italiano; così come è configurato il file (con pacchetti che io non userei mai, nemmeno sotto minaccia delle armi, ma ognuno è libero di avere le sue preferenze) i font con cui scrivi la tesi sono i CM in codifica OT1, la vecchia codifica senza lettere accentate; va benissimo per l’inglese, ma l’italiano ne soffre un poco; se di italiano nella tua tesi ce ne è pochissimo, per esempio solo nel frontespizio, allora non preoccuparti, ma se ha delle citazioni in italiano sarebbe meglio aggiungere
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\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
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che usa i font Latin Modern (sostanzialmente gli stessi font) ma con le lettere già accentate, non ottenute per sovrapposizione dell’accento alla lettera da accentare che produce un effeto meno corretto, ma che inibisce in parte la sillabazione della parola.