Vedi che se avessi letto bene il file .tex avresti anche capito perché la numerazione ricomaincia da uno dopo l’indice generale:
`
% the pages of the TOC is numbered roman
% and a pdf-bookmark for the TOC is added
\let\myTOC\tableofcontents
\renewcommand\tableofcontents{%
\frontmatter
\pdfbookmark[1]{\contentsname}{}
\myTOC
\mainmatter }
`
e probabilmente nel file indici.tex letto più avanti \listoffigures e \listoftables sono rideifniti in maniera analoga.
Infatti \mainmatter emette il comando \pagenumbering{arabic} che a sua volta reimposta il contatore di pagina.
Suppongo che con la revisione di ivan ora le cose ti vadano correttamente,
ma certamente dopo aver apportato quelle modifiche devi ottenere il file pdf attraverso il bottone verde di TeXworks, non più attraverso LyX.