Un file vettoriale è scalabile illimitatamente senza perdere di qualità, a meno che non lo si riduca troppo, per cui le linee molto sottili possono sparire. Un file bitmap può venire rappresentato solo senza eccessivi ingrandimenti, perché l’immagine si sgrana. Quindi se si dispone di un disegno vettoriale, come generalmente è un diagramma, disegnato in modo accurato con un programma di disegno vettoriale, elaborarlo con Gimp o con qualsiasi altro programma che non gestisce i file vettoriali se non in sola lettura, è un suicidio.
`per questo bisogna prima impostare Gim (o qualunque altro programma) con una risoluzione molto elevata, minimo 300 dpi, possibilmente di più, e poi, dopo aver salvato queste impostazioni come default, si può aprire un file PDF, che Gimp è capace di aprire, ma se lo memorizza internamente come immagine bitmap che può venire elaborata come qualunque altra fotografia; ma poi non può slavarlo su disco se non in un qualunque formato vettoriale.
pdflatex accetta per le immagini solo i formati png, jpg, pdf, mps, eps (questo solo dal 2010, e non nella versione di default di Linux/Debian che è ferma al 2009). I vari formati hanno proprietà diverse; pdf, mps e eps sono vettoriali (o possono esserlo, dipende da che cosa contengono), png e jpg sono bitmapped compressi e il modo di compressione è di diverso tipo; di fatto png va bene per i disegni al tratto, mentre jpg va bene per le fotografie.
Se tu quindi converti il tuo file inizialmente in pdf in un formato bitmapped, scegli il formato png per i diagrammi e jpg per le fotografie, ma assicurati che Gimp lavori con iuna risoluzione minima di 300 dpi, altrimenti ti viene uno schifo (come in effetti hai già constatato).