Spero che tu disponga ancora della versione originale del file, altrimenti il file che hai pasticciato a più riprese anche con iconv non lo recuperi più, o lo recuperi solo parzialmente.
Se il file originale presentava dei segni stani al posto delle accentate è perché hai TeXshop configurato di default a usare la codifica MacRoman, oppure la codifica UTF-8, mentre la riga \isepacakage \usepackage[latin1]{inputenc} presupponeva che il file sorgente fosse codificato in ISO Latin.
Fai sempre un’altra copia di backup del file originale, per prudenza. poi apri nuovamente il file con TeXShop; usandoil Tasto Macros clicca encoding e seleziona ISOlatin; come dai OK il programma scrive in testa al file la sua brava riga magica. A questo punto non ti sbagliare: seleziona File + Salva come: nella finestra di dialogo lascia pure il nome senza cambiarlo (se hai fatto al copia di backup in precedenza puoi sempre recuperare il tutto); nella prima finestrella al centro del riquadro di dialogo seleziona la codifica con cui salvare il file scegliendo ISOlatin; Non cambiare cartella. Come dai l’OK ti si apre una altro dialogo che ti informa che il file esiste già e quindi se vuoi sovrascriverlo; rispondi di sì; chiiudi TeXShop; e riclicca sul file tex appena salvato con la codifica giusta e coerente; questa volta le lettere accentate dovrebbero apparirti corrette.
Se non succedesse, recupera il file dal backup. Apri TeXShop su un file nuovo che poi non salverai; clicca sul nome TeXShop in alto a sinistra nella barra superiore; scegli preferenze e scegli la codifica di default ISOlatin (cogli l’occasione per verificare quale era la codifica che ti scombussolava il file) esci da preferenze e chiudi TeXShop. Ora clicca sul file recuperato dal backup e dovrebbe aprirsi il file con le lettere accentate a posto; Com Macros rimetti la riga magiaca, cosicché se dovessi riaprire il file avendo nel frattempo reimpostato TeXShop per un’altra codifica di default, quella riga magica provvede a riconfigurare emporanemaente e solo per quel file la codifica ISOlatin.