Non preoccuparti degli Undrful hbox, specialemente se il fattore di badess è di poche migliaia come gli esempi che mostri; se vuoi puoi mettere qualcosa come \hbadness=5000 subito dopo \begin{document} e i messaggi di warning con una informazione di badness inferiore a 5000 vengono ignorati. Underfull… indicano che il programma di composizione ha dovuto allargare lo spazio interparola di può del valore considerato normale; siccome la “bruttezza” è calcolata come 100 volte il cubo di un certo rapporto di allungamento dello spazio interparola, il valore di un migliaio corrisponde a spazi larghi circa il doppio del normale.
Può anche darsi che se usi il pacchetto microtype tutti quei warning spariscano da soli e la composizione sia molto più bella.
Per il messaggio di hyperref, togli ogni espressione matematica dai titoli di capitolo, paragrafi, sottoparagrafi, caption eccetera. Oppure, se proprio non ne puoi fare a meno usa il comando \texorpdfstring con due argomenti: il primo per andare davvero nel titolo della sezione, il secondo per costruire il bookmark che usa hyperref per la navigazione e per l’indice strutturale nella colonna laterale, per esempio, di Adobe Reader.; Allora se devi indicare nel titolo la somma pitagorica, scriverai:
`
\sectio{La somma pitagorica \texorpdfstring{$\sqrt{x^2+y^2}$}{}}
`
lasciando vuoto il secondo argomento; in questo modo l’espressione comparirà nel titolo, ma non comparirà nei bookmark.
Un modo alternativo è quello di usare l’argomento facoltativo dei comandi di sezionamento, così:
`
\section[La somma pitagorica]{La somma pitagorica $\sqrt{x^2+y^2}$}
`
Tutte le volte che hyperref protesta con un messaggio del tipo che hai mostrato, \texorpdfstring risolve la situazzione; potrebbe essere una macro che non capisce, un cambiamento di font strano, una formula, o cose che richiedono una composizione non di puro testo. Di solito il messaggio che accompagna il warning, oltre a dire in quale riga del sorgente si trova il commando che hyperref non aprrezza, dice anche che cosa non gli andava; nel tuo caso il math shift; cioè il passaggio alla matematica.