In ogni caso togli un apio di opzioni e aggiungi ancora un pacchetto:
`
\documentclass[a4paper,12pt]{book}% twoside e openright sono di default con la classe book
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{lmodern}% con la codifca T1 sono i più adatti
\usepackage{textcomp}
\usepackage{microtype}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{showkeys}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsmath,amssymb,amsthm}
% pacchetti rimossi dal precedente preambolo perché:
\usepackage{latexsym} % obsoleto
\usepackage{fancyhdr} % inutile se non si specifica la foot/headline
%\usepackage[Glenn]{fncychap} % era già commentato
\usepackage{newlfont} % sconsigliatissimo
`
Inoltre i messaggi che dicono: \citation \bibdata \bibstyle nè input index file non hanno nulla a che vedere con le equazioni spostate a sinistra.
Cerca dove hai inserito l’opzione fleqn o il pacchetto che ti ha inserito l’opzione fleqn e toglila.