Leggi la documentazione di hyperref in texmf-dist/doc/latex.hyperref/
Ci sono diverrsi documenti da leggere, uno più user friendly e alltri più tecnici.
Lì trovi ogni spiegazione, ma non è una lettura facile.
La sostanza delle cose è che quando metti un \label da qualche parte esso stabilisce anche un obbiettivo (target) che è collegato non solo al numero specifico, e alla pagina di dove cade il label ma anche ad altri tre o quattro entità nuove che fanno sì che il target sia univoco; esso non dipende solo dal numero dell’equazione, per esempio, ma anche dal nummero del capitolo, dal nome dell’oggetto, dal numero della sezione, eccetera, in modo che esso sia assolutamente univoco.
Quando poi pdflatex incontra un comando \ref o \pageref, esso deve avere un’ancora, che è poi il testo colorato come link, al quale associa un comando interno di pdftex che punta al target. Dunque il tarrget è prodotto dal “riferito” e l’anchor è prodotta dal “referente”; il link attivo è costituiro da un comando interno di pdftex.
Le frecce da attivare con il menù o con gli shortcut da tastiera (che non ho voluto nominare deliberatamente perché sul Mac sono costituiti da “mela”+ freccia, e il tasto “mela” sugli altri C non c’è) sono una rporpietà del navigatore Adobe Reader o qualunque altro programma serio di visualizzazione di file PDF; è il Reader che si ricorda dove era prima, non il pdftex che ha prodotto il file PDF che può ricordarsi dov’era i lettore prima di di saltare ad un altro punto.
Ora è pur vero che pdftex oggi può eseguire comandi di sistema, ma non può eseguire comandi interni di altri programmi, quindi per ora bisogna accontentarsi di cliccare sulle frecce.
I dettagli li trovi sulla documentazione di hyperref