Ti sei scritto un file di “stile” per makeindex adatto alla tua nomenclatura? Questo file prsonale si chiama provatex.ist? Questo file si trova nella tua cartella di lavoro o in una cartella dove makeindex può trovalo?
In ogni caso non puoi usare il bottone di Kile, perché quel bototne assume che i dati epr la nomenclatura siano sati messi nel file provatex.idx, invece sono nel file provatex.nlo (apparentemente), quindi la generazione del file di nomenclatura in uscita provatex.nls dovrai semrpe farla a mano. a meno che tu no ti definisca un nuovo bottone per Kile e una nuova oprazione da fargli fare per elaborare il file con estensione .nlo al fine di produrre il file di uscita .nls.
Piuttosto io creerei una breve procedura bash sul tuo ubuntu per eseguire il comando senza doverlo digitare con tutte le opzioni e gli argomenti necessari.