Qualcosa del genere è capitato anche a me e ho risolto tutto disinstallando tutto TeXShop con una piccola applicazione gratuita che si chiama AppCleaner.app; riesce a togliere ogni traccia, anche di file invisibili, dal Mac; poi ho scaricato ex novo l’ultima versione di TeXShop 3.04 per Lion,; certamente ho dovuto riconfiguralo un pochino, anche per evitare quel fastidiosissimo encoding di default del Mac, seleziona la doppia ricerca diretta e inversa con synctex e con find, non uso mai “click destro + Sync” ma uso sempre “mela +click” in entrambi i versi della ricerca e funziona benissimo.
per la riga magica del file root, uso semrpe la macro Root dal menu macro e sono sicuro che la scrive bene senza caratteri spuri; evito sempre di scrivere la riga magica a mano. Non uso mai o quasi mai il comando \input per un intero capitolo, ma uso sempre \include; non so se il riconoscimento di % !TeX root funzioni solo con \include e non con \input, ma a me , quando non ha funzionato era perché lo scrivevo a mano.
Certo è relativamente antipatico che quando arriva una versione nuova vengano mantenute le stesse impostazioni della versione precedente; talvolta sono incompatibili e quindi AppCleaner.app diventa indispensabile.
Un altro punto; quando ho installato Lion ho avuto un mucchio di problemi che sparivano se cliccato la piccola icona di TeXShop nell’angolo in alto a destra per spezzare la schermata in due; bastava trascinare con il mouse la riga di separazione in basso fino, in sostanza, ad avere una finestra sola, e il tutto funzionava lal perfezione. Poi ho avuto un aggiornamento automatico del sistema e la pulizia e reinstallazione di TeXShop 3.04 e tutto funziona come un orologio svizzero.
Ciao
Claudio