Il codice che hai mostrato è pressoché inutile; serve solo a dimostrare un gran numero di ingenuità, per non chiamarli errori, perché errori nel senso stretto della parola non sono; in fondo ti permettono di compilare la tesi come volevi, anche se esistono modi meno “ingenui” e più automatici per ottenere lo stesso risultato.
Siccome hai fretta non scendo nei dettagli, ma ci vorrebbe un esempio minimo compilabile che presenti lo stesso problema; esso deve contenere il tuo preambolo e, dopo \begin{document}, senza mettere il frontespizio (nel quale \textsc{\textbf{UNIVERSIT\`A…}} è un bell’esempio di ingenuità…), ma mettendo direttamente (senza \include) i capitoli con i soli titoli (di fantasia) sia per i capitoli, sezioni, sottosezioni, sotto sottosezioni, e compagnia, e evidentemente i \dominitoc necessari.
Se non riusciamo a vedere un esempio minimo compilabile che presenti l’errore non siamo in grado di dirti niente (almeno io non lo sono:sad: ).