Vacci piano con i quadratoni; certo non è difficile riquadrare una minipage di qualunque dimensione automatica o specificata; basta usare \fbox e metterci dentro la minipage; dentro la minipage ci puoi scrivere quel che ti pare, comprese le equazioni, ma…
Una grande scatola come minipage, riquadrata o non riquadrata, diventa un oggetto ingombrante che scompagina tutta la composizione, e può provocarti delle pagine orrendamente poco riempite, o la scatola che fuoriesce “dal foglio”.
A quel punto devi cercare i pacchetti che ti consentono di riquadrare scatole che possono venire spezzati a fondo pagina e proseguire nella pagina successiva; ce ne sono, ma secondo me producono delle composizioni mal fatte (una scatola spezzata come fai a far capire al lettore che prosegue nella pagina successiva?
Ci sono diversi mezzi per aggirare questi inconvenienti, il primo che mi viene in mente è una longtable con filetti iniziale finale in ogni moncone di tabella e con filetti laterali, con i piedi normali che contengono una frase del tipo “prosegue nella pagina successiva” e righe iniziali che contengono una frase del tipo “continua dalla pagina precedente; una sola colonna larga \textwidth -2\tabcolsep-\2\fboxsep\-2\fboxrule col contenuto matematico che ti permetta di centrare le equazioni.
Non so se facendo in questo modo puoi usare gli ambienti di equazioni numerate di LaTeX e del pacchetto amsmath, ma con qualche magia non dovrebbe essere troppo complicato stampare a fine riga un numero di formula e di richiamarlo con \label.
Tutto ciò non è una cosina da poco. Per cui ti raccomando di pensarci bene se vuoi davvero riquadrare insiemi di formule, cioè se il riquadro è davvero la soluzione giusta per portare il messaggio al tuo lettore..