Certo, nessuno ti può sostituire a fare le cose personali. crea un nuovo albero radicato in ~/texmf e aggiungici i riami con gli stessi nomi che hanno nell’albero principale: quella si chiama TeX Directory Structure (TDS in breve); naturalmente non sei tenuto a creare i percorsi con destinazione di cartelle che non usi; metti solo quelli che usi: per esempio:
~/texmf/tex/latex/beamer/ per le tue cose modificate e ~/texmf/doc/latex/beamer/ se vuoi mettere due righe di documentizione per le tue modifiche.
Non so se succeda così anche sul TeX Live/Debian che cè su Ubuntu, ma comunque non guasta che tut ti metta col terminale in ~/texmf e di lì tu dia il comando texhash che ti crea il database dei nomi dei file contenuti nel tuo albero; ricordati sempre di aggiornare questo database ogni volta che modifichi il tuo albero. Su TeX Live, quello vero, che si installa benissimo seguendo scrupolosamente il testo di Enrico texlive-ubuntu.pdf, non è necessario aggiornare il database dell’albero personale.