Sono incuriosito dal tuo problema: devi fare un documento file3 che contenga come parte principale solo gli indici degli altri due documenti?
Se si, a che cosa ti servono i collegamenti ipertestuali?
Per altro:
1) carichi due volte hyperref; hyperref deve essere caricato una volta sola e per ultimo. La seconda volta che lo carichi, ci pensa pdflatex a non ricaricarlo e ad usare solo le specifiche di \hypersetup.
2) specifichi la codifica di uscita T1, ma non specifichi quale font con codifica T1 vuoi usare, limitandoti ai font di default (vabbe’: peccatuccio molto veniale)
3) pstricks non serve per visualizzare i colori dei grafici; serve per disegnare grafici e altri oggetti; senza pacchetti ausiliari è incompatibile con pdflaltex; pgf e tikz sono pacchetti quasi equivalenti e fanno di solito tutto quello che serve per disegna=re grafici, schemi a blocchi e tante altre cose, persino circuiti elettronici.
4) colortbl serve sì per colorare lo sfondo o le righe delle tabelle ma sicuramente non quelle composte con software esterno
5) se carichi amssymb NON devi caricare amsfonts (è inutile caricarlo, perché ci pensa amssymb).
6) twoside e openright sono opzioni di default per la classe book; è superflui specificarle; Se hai installato il sistema TeX come si deve, a4paper è il formato della carta di default quando si compone con pdflatex, cioè quasi sempre (chi usa più latex?.. non voglio dire che sia defunto, ma ha tante limitazioni che lo si usa solo in circostanze speciali, non come compositore standard)
7) NON specificare l’opzione dvips a graphicx; lo sa da solo quale driver deve usare
8 ) non usare mai un preambolo standard da replicare in ogni documento che componi; carichi di solito pacchetti inutili che ti impegnano la memoria e che rallentano l’esecuzione se non hai tanta RAM
Scusa questo elenco di errori veniali e meno veniali; però bisogna che qualcuno ci dica gli errori che facciamo, anche se si tratta di erroretti innocui.
Se poi ci spieghi meglio quello che vuoi fare…