Ti rispondo disordinatamente.
Lascia perdere MiKTeX, anche la versione 2.9; sono molti i problemi che dà, anche se ci sono in giro molti estimatori, che però sono utanti veterani e quindi sanno come accarezzare al loro creatura; io stesso ho usato MiKTeX per 15 anni circa. Installa TeX Live 2011 completa e non avere paura dei quasi 3 GiB che richiede sul disco, a meno che tu non sia proprio agli sgoccioli con il tuo disco fisso.
TeXnicCenter credo che sia il peggiore shell editor che si possa usare; certo quando uno è abituato ad una cosa cambia malvolentieri; ma restando su Windows, se non ti va il semplice ma efficacissimo TeXworks installato da TeX Live e anche da MiKTeX 2.8 (solo che non lo fa sapere a nessuno — cerca fra i file della cartella \bin nell’albero di MiKTeX e lo troverai), ci sono sempre TeXmaker e TeXstudio. Ti ho citato i tre che permettono di disporre di un visualizzatore pdf interno con il quale è possibile con un click passare dalla finestra del file sorgente allo stesso punto (o molto vicino) nel file pdf composto e viceversa. Non hai idea di quanto tempo si risparmi con questa funzionalità.
Quando parli di figure ps, spero che tu voglia dire eps; queste se le mangia anche pdflatex, purché tu disponga della versione 2011 di TeX Live o della versione di MiKTeX 2.9 molto aggiornata. Non hai più bisogno di latex+dvips+pstopdf nel 99% dei casi; e forse anche il restate 1% può essere gestito direttamente con pdflatex.
Ora veniamo al tuo problema: il file contenitore, che viene chiamato dagli utenti LaTeX master file, può importare un numero qualunque di file sia con il comando \input sia con il comando \include; quest’ultimo comincia sempre una pagina nuova e svuota le code degli oggetti flottanti prima di passare alla lettura del file incluso, mentre il primo non chiude nessuna pagina e non svuota nessuna coda e passa direttamente all’elaborazione del file da includere. Il buono di \include è che è particolarmente adatto a elaborare file di capitoli o delle parti intere; può lavorare in tandem con il comando \includeonly, il cui argomento contiene una lista di file da includere effettivamente, ma degli altri legge i file ausiliari per cui conserva tutti i dati per completare i riferimenti incrociati. Può essere comodo per comporre il testo per parti, oppure per singoli capitoli; io uso/userò questo metodo per produrre (a suo tempo — per ora lo compilo un capitolo alla volta) un testo in tre volumi, conservando lo stesso indice generale e gli stessi indici analitici anche se si riferiscono a parti che su carta appariranno su volumi diversi; qui sta appunto la comodità della parti di consultazione che LaTeX consente di gestire comodamente.
Il tutto è descritto nell’Arte di scrivere con LaTeX (link qui sopra nella sezione Download del Vecchio sito) e nell’Introduzione all’arte della composizione tipografica con LaTeX (link qui sopra nella sezione Documentazione).
In sostanza, se ti interessa il documento in forma elettronica con i link ipertestuali attivi, ti conviene seguire questo metodo, e non avrai problemi di inserimento di parti già composte con pdfpages.