Non esageriamo; TeX Live 2011 è più che sufficiente per tutto. MiKTeX 2.9 non ti serve più, a meno che tu non voglia tenere entrambe le distribuzioni, nel qual caso devi configurare un editore per lavorare con MiKTeX e un altro per lavorare con TeX Live.
ProTeXt non è un eseguibile, ma è un file pdf interattivo che serve per installare MiKTeX, dinque, avendolo già installato, non ti serve a niente. Puoi eliminarlo. Se da te è marcato con l’estensione .exe, si tratta di un file autodezippante. In ogni caso non ti serve.
TeXnicCenter che avevi già installato, andrebbe comunque riconfigurato per lavorare con l’una o l’altra distribizione. ma è talmento poco performante, che ti consiglio di buttarlo via; aspetta dopo aver usato TeXmaker e TeXStudio che puoi configgura in modo che uno trovi gli eseguibili nell’albero di MiKTeX e l’altro li trovi nell’albero di TeX Live; quando ti sarai familiarizzato cone questi due, allora potrai buttare via TeXnicCenter.
Se dai retta a me, butti via anche MiKTeX 2.9, ma questa è una opinione personale, che molti frequentatori del forum utenti di quella distribuzione contesterebbero fortemente.
Per organizzarti il lavoro da cui è partito questo filone di discussione, leggiti il capitolo 4 dell’Introduzione (file GuidaGuIT.pdf) con particolare riguardo al paragrafo 4.7.
Oppure leggiti anche l’Arte (file ArteLaTeX.pdf nell’ultima versione messa a disposizione degli autori pochi gioni fa) il paragrafo 3.17.
L’Arte parla dell’uso di \input per separare i file che compongono un documento di grandi dimensioni; l’Introduzione dell’uso di \include e \includeonly, che è l’uso che io preferisco, lasciando invece l’uso di \input per introdurre bervi file .tex, per esempio una tabella che ho tenuto separata, per compilarla con calma in un file distinto in modo da fare più in fretta per metterla a punto; certo per mettere a punto una tabella difficile, generalmente ma non sempre di una sola pagina, non è il caso di compilare tutto il documento, magari di centinaia di pagine. \includegraphics ha un uso completamente diverso e non ha nulla a che vedere né con \input (col quale condivide il fatto di far leggere un file esterno al compilatore), né con \include col quale condivide solo la parte iniziale del nome.