Naturalmente la causa del problema è il modulo francese di babel; basta aggiungere
`\frenchbsetup{FrenchFootnotes=false}`
dopo \usepackage[french]{babel}.
Ripeto il tuo preambolo con alcuni commenti, cerca “TOGLIERE” ed esegui senza discutere. 🙂
Che significa “un Palatino di Zapfino”?
`%!TEX encoding = UTF-8 Unicode
% Encoding: UTF-8 Unicode
% !TeX encoding = utf8
%%%%%\XeTeXdefaultencoding utf-8 % TOGLIERE
\documentclass[a4paper,11pt,sctitles,centertitle]{suftesi}
%\documentclass[a4paper,12pt,french,headinclude,footinclude]{scrbook}
%\pagestyle{plain}
\usepackage[french]{babel}
\frenchbsetup{FrenchFootnotes=false}
%\usepackage{scrtime}%richiesto per indicare l'ora
\usepackage{everyshi}%richiesto per far apparire la scritta della versione preliminare
\usepackage[french,scrtime]{prelim2e}%versione preliminare
%\usepackage[latin1]{inputenc}
%\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{graphicx}%sempre prima di xlxtra, che lo include ma non permette di aggiungerne opzioni. se si inverte l'ordine è il bug
\usepackage{url,cmll,bussproofs,amsmath,amsthm,amsfonts,amssymb,makeidx,amscd,epic,eepic}%TOGLIERE latexsym
%\usepackage{classicthesis-ldpkg} %non esiste più a partire da texlive2011
%\usepackage{classicthesis-preamble} % solo da texlive 2011
%\usepackage[drafting,eulermath,eulerchapternumbers,parts]{classicthesis}
%%%%%\usepackage{newlfont} %TOGLIERE
\usepackage{mathdots}
\newcommand{\tld}{~}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{setspace}
\usepackage{microtype} % versione preliminare ancora in beta compatibile con xetex . permette protrusione caratteri
\usepackage{fontspec}
\defaultfontfeatures{Mapping=tex-text}
%%%%%\usepackage{xunicode}%TOGLIERE
\usepackage{xltxtra}
%\usepackage[babel]{csquotes} %da usare con biblatex
%\usepackage{etoolbox}
%\usepackage[backend = biber]{biblatex}
%\usepackage{unicode-math}
%\setmathfont{Asana-Math.otf}
%\fontspec{Linux Libertine}
%\fontspec{Junicode}
%\fontspec{Garamond}
%\fontspec{Palatino}
%\setmainfont[Numbers=OldStyle]{Palatino Linotype}
%\setmainfont[Numbers=OldStyle]{TeX Gyre Pagella} %praticamente un Palatino di Zapfino
%\onehalfspacing
%%%%%\sloppy%TOGLIERE`
Naturalmente sai benissimo che per XeLaTeX c’è Polyglossia che sostituisce babel, vero? Con
`\usepackage{polyglossia}
\setmainlanguage{french}`
il problema non si pone fin dall’inizio.
Ciao
Enrico