Questo modo di scrivere il tuo testo mi pare leggermente migliore:
`\documentclass[10pt,a4paper]{book}
\usepackage[OT2,T1]{fontenc}
%\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[italian,russian]{babel}
\addto{\extrasrussian}{\fontfamily{wncyr}\selectfont}
\usepackage[body={11.9cm,18.9cm},a4paper,nohead]{geometry}
\usepackage{ifthen,graphicx}
\usepackage{multicol}
\pagestyle{plain}
\chardef\yat='53
\chardef\Yat='43
\begin{document}
\begin{center}
\bfseries\large STOGLAV
\end{center}
Skazanie glavam v nastoyashchei0 sei0 knize.
\textbf{Glava 1.} Carskyya voprosy i sobornyya otv\yat ty o
mnogorazliqnykh cerkovnykh qin\yat kh.
\textbf{2.} O predislovie.
\textbf{3.} O carskomp2 rukopisanii, izhe na tom zhe sobore
vdastp1 carp1 svoeya ruki pisanie sp2 bogodukhnovennym
nakazaniemp2 i sp2 dushepoleznymp2 pokayaniem z\yat lo polezno
slyshashchim i vnemlyushchim sia imushcha sice.
\textbf{4.} I potom carp1 vdastp1 na sobore inaya napisania o
novykh qyudotvorcekh i o mnogikh i razliqnykh cerkovnykh
qin\yat kh i voprosekh imushcha sice.
\textbf{5.} O tridesyati i sedmi carskykh voprosekh o
cerkovnom stroenii.
\end{document}`
Un paio di osservazioni: non è il carattere 53, ma il carattere ’53 (nota l’apostrofo che significa “base 8”): 5 per 8 + 3 = 43. Quindi
`\char'53 oppure \char43`
Tuttavia è più semplice scrivere \yat e \Yat invece che quella roba.
Analogamente, la “i kratkoe” si scrive “i0”, il segno forte è “p1”, il segno debole è “p2”. Non occorre \hbox{shch}, basta “shch” (e lo stesso per la ya). Tuttavia potrebbe interessarti questo modo di scrivere:
`\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage[X2,T2A,T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[russian,italian]{babel}
\usepackage{newunicodechar}
\newunicodechar{Ѣ}{{\fontencoding{X2}\selectfont\char'130}}
\newunicodechar{ѣ}{{\fontencoding{X2}\selectfont\char'170}}
%\newunicodechar{Ө}{{\fontencoding{X2}\selectfont\char'220}} % Fita già in T2A
%\newunicodechar{ө}{{\fontencoding{X2}\selectfont\char'260}} % fita già in T2A
\newunicodechar{Ѵ}{{\fontencoding{X2}\selectfont\char'132}}
\newunicodechar{ѵ}{{\fontencoding{X2}\selectfont\char'172}}
\begin{document}
\begin{otherlanguage*}{russian}
\textbf{Глава 1.} Царскуя вопросы и соборныя отвѣты о многразличых церковных чинѣх.
Ѣ ѣ Ө ө Ѵ ѵ
\end{otherlanguage*}
\end{document}`
Ciao
Enrico