Direi che è un problema ricorrente con TeXnicCenter.
Ora, visto che hai installato MiKTeX2.9 e quindi disponi dell’editor TeXworks (cerca nell cartelle sotto a C:\programmi\MiKTeX\2.9\ e troverai texworks.exe, creano una scorciatoia e mettila sul desktop; cliccaci sopra e scegli di aprire il file sorgente, compilalo con pdflatex (default) e vedrai che ti si apre subito la finestra del file compilato. Magari può avere di problemi visto che di default TeXworks è impostato per la codifica UTF-8, ma qualcosa farà di sicuro; Poi puoi mettere a posto l’impostazione di codifica di TeXworks, anche se ti consiglio di mantenere UTF-8 (è che i tuoi file precedenti difficilmente sono salvati su disco con la codifica UTF-8, perché TeXnicCenter non mi pare che la gestisca).
Se le cose vanno bene con TeXworks, la colpa del fattaccio che ti è capitato è di TeXnicCenter. Altrimenti occorre che tu fornisca più informazioni.