Ciao, prova a caricare subito prima di \begin{document} il seguente codice:
`\makeatletter
%% Questo è per le equazioni %%
%
\renewcommand\theequation
{\ifnum \c@chapter>\z@ \thechapter.\fi \@arabic\c@equation}
%
%% Questo è per le sezioni, sottosezioni, ecc… %%
%
\newcounter {section}[chapter]
\newcounter {subsection}[section]
\newcounter {subsubsection}[subsection]
\newcounter {paragraph}[subsubsection]
\newcounter {subparagraph}[paragraph]
\renewcommand \thesection{\thechapter.\@arabic\c@section}
\renewcommand\thesubsection{\thesection.\@arabic\c@subsection}
\renewcommand\thesubsubsection{\thesubsection .\@arabic\c@subsubsection}
\renewcommand\theparagraph{\thesubsubsection.\@arabic\c@paragraph}
\renewcommand\thesubparagraph{\theparagraph.\@arabic\c@subparagraph}
\makeatother`
Se non dovesse funzionare, allora ti consiglio di leggere la documentazione in italiano del pacchetto amsmath, poiché tra le varie funzioni offerte dal pacchetto dovrebbe esserci quella che fa al caso tuo.
Ciao ciao