Prima soluzione: evita i disegni fatti con pstricks, e usa tikz che é comapitbile sia con latex sia con pdflatex e sostanzilamante ha le stesse potenzialità. Ma visto che il lavoro l’hai già fatto compila con un altro piccolo file creato apposta, i tuoi disegni pstricks, trasforma il risultato in pdf, estrai e inserici i disegni in pdf nello stesso modo con il quale inserisci le tabelle da file pdf. E la volta prossima evita pstrick a meno che i disegni non siano di natura tale da non porli fare con tikz.
Seconda soluzione: trasforma le singole tabelle, una pagina alla volta adeguatamente scontornat in file eps usando pdf2ps; non lo consiglierei al peggior nemico, ma è una strada.
Terza soluzione: usa il pacchetto pst-pdf dopo averne letto la documentazione. Con questo pacchetto usi sempre solo pdflatex per comporre, ma ci pensa il pacchetto stesso farti la maggior parte del lavoro, la quasi totalità della prima soluzione, e a te resta pochissimo da fare a mano usando la finestra comandi.
C’è anche il pacchetto pst2pdf che fa cose simili; leggi la documentazione.