Controlla che cosa esce nel .toc; potrebbe essere meglio usare \DeclareRobustCommand per \secformat.
Non vedo (o non so vedere) niente di anomalo…
`\select@language {english}
\contentsline {chapter}{\numberline {1}Tutorial}{3}
\contentsline {section}{\numberline {1.1}About xindy}{3}
\contentsline {section}{\numberline {1.2}A Basic Introduction}{4}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.2.1}Running xindy}{4}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.2.2}Adding some Markup}{5}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.2.3}Keyword Mappings}{7}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.2.4}Letter Groups}{8}
\contentsline {section}{\numberline {1.3}Advanced Features}{9}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.3.1}Location Classes}{9}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.3.2}Hierarchical Location Classes}{11}
\contentsline {subsection}{\numberline {1.3.3}More about Letter Groups}{11}
\contentsline {chapter}{\numberline {2}FAQ}{13}`
ecc ecc
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